CALHippo - Mapping neurons and glial cells in the human brain hippocampus in 3D using SOTA segmentation and density estimation models [R]

CALHippo 프로젝트는 인간의 해마 세포를 3D로 매핑하는 연구다.

CALHippo는 인간 해마의 신경세포와 아교세포를 3D로 매핑하기 위한 연구 프로젝트이다. 이 연구에서는 고해상도 뇌 슬라이스 이미지를 사용하여 최신 세분화 모델인 CellPoseSAM을 활용한 세분화 파이프라인을 개발하였다. 세포의 주의 분류와 밀도 추정 작업을 위해 작은 UNet을 이용한 네트워크를 구성하였다. 최종적으로 해마를 순서대로 덤프해 포인트 클라우드를 생성하였다.

CALHippo project maps human hippocampal cells in 3D through ML research.

The CALHippo project focuses on mapping neurons and glial cells in the human hippocampus in 3D. It utilized high-resolution brain slice images to develop a segmentation pipeline using state-of-the-art models like CellPoseSAM. The pipeline also includes a small UNet for density estimation. Ultimately, the project reconstructed a point cloud representation of the hippocampus from low-resolution density maps.